Skip to content

Wpływ haplotypów VKORC1 na regulację transkrypcji i dawkę warfaryny czesc 4

1 miesiąc ago

185 words

Osiem polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) jest znakowanych w węzłach drzewa, a cztery miejsca SNP (przedstawione pogrubioną czcionką) zostały wykorzystane do rozróżnienia między każdą gałęzią i do rozróżnienia grup A i B. Gwiazdki wskazują skorelowane zestawy SNP, które były znacząco powiązane z dawką warfaryny. Grupa A była związana z niską dawką warfaryny, a grupa B wysoką dawką warfaryny. Jak pokazano na środkowym panelu, pacjenci w pierwotnej populacji byli genotypowani i przypisywani kombinacji haplotypów VKORC1 (A / A, A / B lub B / B). Pacjentów dodatkowo zaklasyfikowano zgodnie z genotypem CYP2C9 (typ dziki lub wariant * 2 lub * 3). Łączna liczba pacjentów mających połączenie grupy A, grupę B lub oboje wynosiła 182 (wszyscy pacjenci), 124 (CYP2C9 typu dzikiego) i 58 (wariant CYP2C9). Czterech pacjentów nie mogło zostać przypisanych ani do grupy A, ani do grupy B. Jak pokazano w dolnym panelu, 357 pacjentów z próbki replikacji zostało genotypowanych i zgrupowanych, podobnie jak w pierwotnej populacji pacjentów; 233 miały CYP2C9 typu dzikiego i 124 wariant CYP2C9. Gwiazdki na dwóch dolnych panelach oznaczają P <0,05 dla porównania z kombinacją A / A i sztyletami P <0,05 dla porównania z kombinacją A / B. Paski T reprezentują błędy standardowe. Próbki o zróżnicowanej populacji (amerykańska, afroamerykańska i azjatycka) zostały genotypowane dla 10 wspólnych SNP zidentyfikowanych w klinicznej populacji Europy i Ameryki, przy użyciu tej samej metody analizy sekwencji. W drugorzędowej populacji pacjentów, cztery informacyjne SNP (w pozycjach 861, 5808, 6853 i 9041) genotypowano w celu różnicowania haplotypów H1, H2, H7, H8 i H9, zgodnie z drzewem genealogicznym pokazanym na Figurze 1.
Całkowite RNA i DNA ekstrahowano z ludzkich próbek wątroby kontrolnych za pomocą odczynnika Trizol. RNA poddano odwrotnej transkrypcji, uzyskując komplementarny DNA z użyciem starterów poli-dT (jak opisano w Dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org). Dokonano ilościowej analizy reakcji łańcuchowej polimerazy (również w sposób opisany w dodatkowym dodatku). DNA wyekstrahowane z próbek wątroby genotypowano w każdym z 10 powszechnych SNP VKORC1 przez sekwencjonowanie DNA (jak opisano powyżej). Haplotypy zostały wywnioskowane, a każda próbka została sklasyfikowana jako jedna z trzech kombinacji grup haplotypów (A / A, A / B lub B / B, jak opisano w Dodatkowym dodatku).
Analiza statystyczna
Wszystkie zidentyfikowane SNP badano pod kątem odchyleń od nierównowagi Hardy ego-Weinberga za pomocą testu chi-kwadrat. Poziom istotności dla wszystkich testów statystycznych ustalono na poziomie P <0,05. Haplotypy dla każdej pojedynczej próbki zostały oszacowane za pomocą programu PHASE (wersja 2.0), 10 i przeprowadzono niezależne badania dla próbek klinicznych i populacyjnych dla każdej badanej populacji.
Przeprowadziliśmy wielokrotną analizę regresji liniowej przekształconej logarytmicznie dawki podtrzymującej, przy czym początkowo uwzględniono wszystkie współzmienne pacjenta. Istotnymi współzmiennymi przyczyniającymi się do dawki warfaryny były: wiek, płeć, stosowanie lub niewykorzystanie amiodaronu, stosowanie lub niewykorzystanie losartanu oraz genotyp CYP2C9. Wielkość efektu powiązanego z każdym predyktorem obliczono jako procent zmienności dawki warfaryny objaśnionej przez predyktor, podzielony przez całkowitą wariancję w modelu regresji.
Drzewa genealogiczne skonstruowano na podstawie liczby różnic między haplotypami i przy użyciu metody grupowania UPGMA (metoda nieważonej pary grup ze średnią arytmetyczną)
[przypisy: nacięcie błony bębenkowej, próba tymolowa, tętniak wątroby ]
[więcej w: tętniak wątroby, tętniak na wątrobie, bóle neuralgiczne ]