Wpływ haplotypów VKORC1 na regulację transkrypcji i dawkę warfaryny cd

W elektronicznej bazie danych medycznej Uniwersytetu Medycznego Uniwersytetu Waszyngtońskiego uzyskano informacje o krwawieniach, współistniejących uwarunkowaniach i zmiennych demograficznych. Próbki krwi pobierano od pacjentów podczas regularnie planowanych wizyt u lekarza. Dane z wtórnej populacji pacjentów zebrano za pomocą uporządkowanych wywiadów z pacjentami, jak opisano wcześniej szczegółowo, 7 w latach 2001-2004. W skrócie, pacjenci dostarczyli próbkę krwi o objętości 5 ml, informacje demograficzne i dietetyczne, obszerną listę recept i leki dostępne bez recepty oraz dostęp do informacji o dawkach warfaryny i pomiarach INR.
Populacyjne panele różnorodności DNA
Panele DNA składające się z próbek od osób amerykańskich pochodzenia europejskiego, azjatyckiego lub afrykańskiego zakupiono z Coriell Cell Repository (http://locus.umdnj.edu/nigms). Panel Asian-American składał się z próbek od 96 osób z zestawu HD100CHI (Han People of Los Angeles), 10 z zestawu HD13 (południowo-wschodnie Azjaty), 7 z zestawu HD32 (chiński) i 7 z zestawu HD07 (japoński ). Próbki od 96 Europejsko-Amerykańskich osób zostały wybrane z zestawu HD100CAU i od 23 Europejsko-Amerykańskich osób z rodzicielskiego pokolenia rodzin z kolekcji Centre d Etude du Polymorphisme Humain (http://pga.gs.washington.edu/ data / sample_description.html). Próbki od 96 osób afroamerykańskich zostały wybrane z zestawu HD100AA.
Aby zbadać mechanizm funkcjonalny zmienności dawki warfaryny, zmierzono poziomy informacyjnego RNA VKORC1 (mRNA) w próbkach ludzkiej wątroby wybranych z banku tkanek utrzymywanego przez University of Washington School of Pharmacy. Podstawowe informacje demograficzne dotyczące poszczególnych dawców narządów i metod pobierania tkanek opisano poprzednio. 9,9 Wszystkie 53 okazy wątroby użyte w tym badaniu pochodziły od europejskich dawców.
Analizy DNA i mRNA
Ponieważ gen VKORC1 został zidentyfikowany dopiero niedawno jako gen kodujący główny wrażliwy na warfarynę składnik reduktazy epoksydowej witaminy K, dostępnych było 4,5 ograniczonej informacji na temat polimorfizmów w obrębie tego genu. W związku z tym przeprowadziliśmy analizę sekwencji DNA w całym regionie genomowym (około 11 kb) w próbkach z naszej podstawowej populacji pacjentów, aby kompleksowo skatalogować polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) i ustalić strukturę haplotypu genu VKORC1. Wszystkie próbki kliniczne z pierwotnej populacji pacjentów poddano analizie sekwencji w rozszerzonej sekwencji genomowej, która obejmowała 5 kb w górnym regionie promotora, 4,2 kb sekwencji wewnątrzgenowej (intron i ekson) i 2 kb 3 w regionie dolnym. Zidentyfikowano dziesięć wspólnych SNP na pozycjach 381, 861, 2653, 3673, 5808, 6009, 6484, 6853, 7566 i 9041 sekwencji referencyjnej VKORC1 (numer dostępu GenBank AY587020).
Figura 1. Figura 1. Wpływ kombinacji Haplotype VKORC1 na kliniczną dawkę warfaryny. Jak pokazano na górnym panelu, wspólne haplotypy (H1, H2, H7, H8 i H9) klastrowano za pomocą metody UPGMA (metoda nieważonej pary grup ze średnią arytmetyczną); utworzyli dwie różne ewolucyjnie odległe grupy, oznaczone jako A (zawierające H1 i H2) i B (zawierające H7, H8 i H9)
[patrz też: medicor rzeszów jabłońskiego, myringotomia, terapia resynchronizująca ]
[podobne: medicor rzeszów jabłońskiego, histeroskopia cena, przychodnia komorowskiego kraków ]